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博普特植物表型組學(xué)、多光譜表型成像系統(tǒng)一站式解決方案

更新時(shí)間:2019-08-13 點(diǎn)擊量:2841

未來(lái)幾十年中,由于人口暴增、氣候變化、耕地限制、環(huán)境資源短缺等因素的影響,人類(lèi)面臨巨大的糧食挑戰(zhàn)。需要從兩方面考慮來(lái)提高作物生產(chǎn)力:改良育種和栽培管理。對(duì)作物功能的描述和深入理解是改良育種和優(yōu)良栽培管理的基礎(chǔ)。將作物功能性狀與基因組關(guān)聯(lián)起來(lái),將加速針對(duì)特定環(huán)境和管理方式的設(shè)計(jì)育種過(guò)程,以及加速遺傳資源的挖掘過(guò)程。同理,對(duì)植物功能的深入了解將極大促進(jìn)作物的栽培管理。作物功能模型可以集聚上述知識(shí),促進(jìn)特定環(huán)境下的植物生長(zhǎng)管理。

植物表型

指的是植物遺傳在特定環(huán)境下表達(dá)出來(lái)的植物特性,包括結(jié)構(gòu)、生化、能量傳遞過(guò)程等。植物表型組學(xué)可以認(rèn)為是研究植物表型特征的科學(xué),涵蓋器官、植株、冠層功能等多種尺度。

植物表型組學(xué)是一種跨學(xué)科的科學(xué),涵蓋生理學(xué)、生物學(xué)、遺傳學(xué)、統(tǒng)計(jì)學(xué)、計(jì)算機(jī)科學(xué)、計(jì)量學(xué)和其它相關(guān)學(xué)科。

植物表型成像系統(tǒng)的出現(xiàn)是學(xué)科發(fā)展的必然結(jié)果,便攜式、經(jīng)濟(jì)型植物表型分析設(shè)備已經(jīng)成為一種趨勢(shì),在田間長(zhǎng)期值守的進(jìn)行數(shù)據(jù)采集的設(shè)備廣受研究人員關(guān)注,在這個(gè)領(lǐng)域Aquation的自開(kāi)合葉綠素?zé)晒庵凳販y(cè)量系統(tǒng)、Videometer Portable手持式多光譜測(cè)量系統(tǒng)以及Hiphen IoT田間多光譜測(cè)量值守系統(tǒng)代表了業(yè)界水準(zhǔn),田間環(huán)境表型分布式測(cè)量系統(tǒng),也逐漸為廣大客戶(hù)所接受。

WIWAM溫室植物表型成像系統(tǒng)集植物自動(dòng)傳送技術(shù)、自動(dòng)澆灌稱(chēng)重技術(shù)、葉綠素?zé)晒獬上窦夹g(shù)、多光譜激光雷達(dá)成像技術(shù)、高光譜成像技術(shù)、RGB成像技術(shù),同時(shí)可實(shí)現(xiàn)根窗技術(shù)全自動(dòng)根系表型觀(guān)測(cè),高通量、無(wú)損傷、全自動(dòng)、實(shí)驗(yàn)觀(guān)測(cè)分析植物形態(tài)結(jié)構(gòu)與生理功能形狀表型,成為表型組學(xué)與遺傳育種科研機(jī)構(gòu)的重要平臺(tái),如比利時(shí)VIB所、比利時(shí)根特大學(xué)、澳大利亞表型組織、拜耳作物等等。 

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WIWAM移動(dòng)式植物表型成像系統(tǒng)

WIWAM Mobile移動(dòng)式植物表型成像系統(tǒng)(WIWAM Mobile)為大型移動(dòng)式植物表型成像系統(tǒng),4輪驅(qū)動(dòng),以便于大田移動(dòng),適于溫室及野外作物原位表型成像分析測(cè)量,具備WIWAM幾乎所有成像分析功能及表型大數(shù)據(jù)數(shù)據(jù)庫(kù)等。標(biāo)配為RGB成像分析、葉綠素?zé)晒獬上穹治觥⒍喙庾V成像,可選配高光譜成像、紅外熱成像、激光雷達(dá)成像等功能模塊,成像高度可調(diào)(標(biāo)配植株高度可達(dá)1.5m),是田間作物高通量表型分析、植物生理生態(tài)研究的重要儀器設(shè)備,因采用了適合田間的傳感器,可直接對(duì)野外植物或田間栽培作物進(jìn)行原位成像測(cè)量分析。

WIWAM Imaging Box臺(tái)式植物表型成像系統(tǒng)

WIWAM臺(tái)式植物表型成像系統(tǒng)具備所有WIWAM植物表型成像分析功能,包括3D RGB成像分析、3D多光譜激光雷達(dá)成像分析、葉綠素?zé)晒獬上穹治?、高光譜成像分析(400-1700nm)、紅外熱成像分析,可進(jìn)行對(duì)植物進(jìn)行3維表型成像分析。適于實(shí)驗(yàn)室或溫室作物表型成像分析研究。 

Phenomobile移動(dòng)式植物表型成像分析平臺(tái)

Phenomobile移動(dòng)式植物表型成像分析平臺(tái)戶(hù)外植物表型成像分析專(zhuān)門(mén)設(shè)計(jì),采用手工推動(dòng)或馬達(dá)腳輪驅(qū)動(dòng)方式,方便大型溫室內(nèi)或戶(hù)外不同區(qū)域間移動(dòng)使用,極大地提高了載樣方便性和使用效率,所采用傳感器為適應(yīng)戶(hù)外使用傳感器,可在自然光條件下對(duì)植物樣品進(jìn)行成像分析,Phenomobile標(biāo)配包括4個(gè)功能模塊:多光譜成像模塊、3D激光掃描三角測(cè)量、RGB 3D成像測(cè)量、高光譜成像模塊,以提供完備的作物表型3D建模與成像測(cè)量分析。

Phenomobile全自動(dòng)植物表型成像機(jī)器人

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 全自動(dòng)植物表型成像機(jī)器人系統(tǒng)Phenomobile

該P(yáng)henomobile植物表型成像車(chē)為法國(guó)Hiphen公司自主研制,專(zhuān)有軟件分析系統(tǒng),系統(tǒng)設(shè)計(jì)可在2.5m寬通道運(yùn)行,遠(yuǎn)程聚焦可達(dá)12m,可向各個(gè)方向移動(dòng),測(cè)量頭高度可在1.0-4.5m之間進(jìn)行調(diào)整。Phenomobile可沿微型田塊按照預(yù)設(shè)軌跡運(yùn)行,因彩頁(yè)了RTK GPS定位,精度可達(dá)厘米級(jí)。

技術(shù)參數(shù)

重量

7.85t

轉(zhuǎn)彎半徑

    3m

2.46m

通量

大于100個(gè)微型田塊/小時(shí)

長(zhǎng)

5.2m

驅(qū)動(dòng)

柴油驅(qū)動(dòng)液壓與電氣系統(tǒng)

3.15m

履帶

4個(gè)動(dòng)力轉(zhuǎn)向履帶

大速度

12km/h

溫控

空調(diào)箱

自主運(yùn)行

10h

履帶設(shè)計(jì)

履帶設(shè)計(jì)防破壞土壤

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田間多光譜表型測(cè)量平臺(tái)

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Hiphen田間物聯(lián)網(wǎng)IoT是無(wú)線(xiàn)傳感器的*組合,用于不間斷監(jiān)控植物和環(huán)境狀態(tài)。Hiphen解決方案之一就是實(shí)現(xiàn)田間試驗(yàn)的實(shí)時(shí)監(jiān)控。土壤和環(huán)境條件是植物生長(zhǎng)的重要因素,Hiphen的IoT系統(tǒng)設(shè)計(jì)了各種傳感器,包括氣象、土壤條件、PAR以及RGB圖像,數(shù)據(jù)15分鐘傳輸一次。日常數(shù)據(jù)和圖像由田間IoT傳感器采集,圖像處理后,獲得的有價(jià)值變量用于試驗(yàn)決策支持。變量以易于解讀的圖表在Hiphen科學(xué)網(wǎng)站界面上顯示,每天進(jìn)行更新。

以下是采用該IoT系統(tǒng)對(duì)西紅柿NDVI植被指數(shù)、土壤濕度、土壤溫度等進(jìn)行監(jiān)測(cè)的實(shí)例

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Airphen遙感植物表型分析平臺(tái)

 Airphen遙感植物表型分析平臺(tái)搭載Airphen多光譜相機(jī)、RGB成像、紅外熱成像等單元組成的近地遙感植物表型成像分析平臺(tái),可與地面Hiphen IoT、地面環(huán)境遙感平臺(tái)、葉綠素?zé)晒忾L(zhǎng)期監(jiān)測(cè)系統(tǒng)等組合使用,從葉片水平到冠層水平,全面、高通量、無(wú)損傷觀(guān)測(cè)分析植物表型。多光譜成像系統(tǒng)Hiphen公司中國(guó)區(qū)總代理和技術(shù)中心,博普特將為廣大客戶(hù)提供從溫室到室外、從便攜到高通量的植物表型成像產(chǎn)品和系統(tǒng)解決方案。

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臺(tái)式多光譜植物表型成像系統(tǒng) 

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VideometerLab型多光譜表型成像系統(tǒng)多光譜成像傳感器是近幾年研究用于監(jiān)測(cè)不同環(huán)境中農(nóng)作物和植被的有效工具。植物的生理學(xué),形態(tài)學(xué)或生物化學(xué)信息可以通過(guò)非接觸的方式以及不同尺度下評(píng)估。例如,利用多光譜傳感器用于植物表型分析或農(nóng)業(yè)中的生理脅迫研究。多光譜成像傳感器是近幾年研究用于監(jiān)測(cè)不同環(huán)境中農(nóng)作物和植被的有效工具。植物的生理學(xué),形態(tài)學(xué)或生物化學(xué)信息可以通過(guò)非接觸的方式以及不同尺度下評(píng)估。例如,利用多光譜傳感器用于植物表型分析或農(nóng)業(yè)中的生理脅迫研究。截至目前,市面上有各種非成像和成像高光譜傳感器可供選擇,這些儀器進(jìn)行測(cè)量的過(guò)程相當(dāng)復(fù)雜,高光譜數(shù)據(jù)處理復(fù)雜,迫切需要波段較多的手持式多光譜表型成像系統(tǒng),因此,現(xiàn)代化檢測(cè)及研究中對(duì)易于用戶(hù)操作的多光譜傳感器的需求日益增加。 Videometer可一致地獲得了高質(zhì)量多光譜數(shù)據(jù)。同時(shí),Videometerlab還可以實(shí)現(xiàn)對(duì)植物表型的鑒定以及病害研究檢測(cè)等,在植物科學(xué)研究及其他領(lǐng)域具有無(wú)限可能。

1、Videometer Portable 多光譜表型成像系統(tǒng)對(duì)小植株的生理脅迫研究

通過(guò)植被指數(shù)可評(píng)估不同狀態(tài)下植被的生理結(jié)構(gòu)和功能特性,包括生物量、冠層結(jié)構(gòu)、葉面積指數(shù)、葉綠素含量以及植物冠層的光利用效率等。研究表明,Videometer 可用于擬南芥中葉綠素(NDVI)和葉黃素(PRI)的含量的檢測(cè),并能評(píng)估植株樣本的狀態(tài)。通過(guò)驗(yàn)證具有代表性的植被指數(shù),可為其它植被指數(shù)的評(píng)估計(jì)算提供樣例,并為在植被研究領(lǐng)域獲得更多生理信息奠定了基礎(chǔ)。

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2、Videometer對(duì)種子病害的研究

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 Videometer 可對(duì)種子真菌感染,如鐮刀菌感染情況進(jìn)行研究,例如病斑所占比例等。

 3.Videometer 大麥白粉病的研究

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歌本哈根大學(xué)的專(zhuān)家利用Videometer多光譜表型研究平臺(tái)在Frontiers in Plant Sciences 上發(fā)表了名“Screening of Barley Resistance Against Powdery Mildew  by Simultaneous High-Throughput Enzyme Activity Signature Profiling and Multispectral Imaging”的文章,研究人員利用了Videometer公司開(kāi)發(fā)的多光譜表型研究平臺(tái),波段范圍從400-1000nm,共計(jì)10個(gè)波段。

 多光譜成像作為非接觸式的測(cè)量傳感器,在植物疾病嚴(yán)重程度與宿主植物對(duì)特定植物病原體的易感性的評(píng)估方面有很大的應(yīng)用。根本哈根大學(xué)利用Videometer設(shè)備研究利用其評(píng)估了不同大麥品種在冠層尺度上的白粉病嚴(yán)重程度,并通過(guò)多光譜成像結(jié)合數(shù)據(jù)分析方法評(píng)估品種的不同疾病嚴(yán)重程度。

VideometerMR根系多光譜成像系統(tǒng)

根系是植物的重要組成部分,植物吸收土壤中的水分與養(yǎng)分全依賴(lài)根系,所以根系的研究對(duì)于植物各學(xué)科來(lái)說(shuō)都至關(guān)重要,根系是陸地生態(tài)系統(tǒng)“隱藏的一半”,而且是動(dòng)態(tài)生長(zhǎng)的,對(duì)其進(jìn)行準(zhǔn)確取樣、觀(guān)察和測(cè)定存在一定困難。所以,根系研究方法的選擇,相對(duì)于對(duì)地上部分而言對(duì)研究結(jié)果具有更大的影響。 丹麥Videometer公司開(kāi)發(fā)的根系多光譜原位監(jiān)測(cè)系統(tǒng)是世界目前一款根系多光譜測(cè)量系統(tǒng),整體性能指標(biāo)處于水準(zhǔn),已經(jīng)在丹麥歌本哈根大學(xué)使用并取得了成績(jī)。

廣大科研工作者為了研究根系,應(yīng)用了很多方法,從傳統(tǒng)的挖掘法、根鉆法、玻璃壁法、容器法等等,到現(xiàn)代的根窗法、微根管法等等,取得了很多科研成果。隨著科技的發(fā)展,越來(lái)越多的現(xiàn)代高精尖技術(shù)應(yīng)用到根系研究中來(lái),多光譜成像技術(shù)就是其中一種,它集光譜和圖像為一體,含有海量的光譜信息和空間信息,這些信息體現(xiàn)了植物各種器官、組織的諸多表型特性,該技術(shù)圖譜合一的特性使其在根系表型方面具有較大潛力。

丹麥Videometer公司開(kāi)發(fā)的根系多光譜原位監(jiān)測(cè)系統(tǒng),是做根系研究的革新性專(zhuān)業(yè)裝備,無(wú)論對(duì)于淺根系蔬菜還是淺根系喬木,都具有現(xiàn)實(shí)性研究意義。目前在根系研究領(lǐng)域中,對(duì)于玉米根系和小麥根系所作的研究比較多,但大多還采用傳統(tǒng)不可重復(fù)的挖掘方法。植物根系原位監(jiān)測(cè)儀的出現(xiàn),改變了這種情況,使得植物研究人員在對(duì)根系進(jìn)行研究的過(guò)程中,可以使用原位的方式,無(wú)損傷的進(jìn)行監(jiān)測(cè)。

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根系是植物主要吸水、營(yíng)養(yǎng)物等器官,通過(guò)對(duì)根系監(jiān)測(cè)和研究,能優(yōu)化水肥方案,促進(jìn)農(nóng)作物、林業(yè)等產(chǎn)業(yè)增產(chǎn)增效,有利于土地荒漠化治理、土壤修復(fù)等。但長(zhǎng)期以來(lái),對(duì)根系研究主要是采用挖掘法、土鉆法、土柱法、容器法、剖面法等傳統(tǒng)方法,采樣破壞性大、工作量大,嚴(yán)重阻礙了根系研究的深入開(kāi)展。《科學(xué)》雜志曾出版專(zhuān)輯認(rèn)為,“人類(lèi)對(duì)自己腳下土壤的了解遠(yuǎn)遠(yuǎn)不及對(duì)宇宙的了解”,更是佐證了地下生態(tài)學(xué)研究難度之大。因此,對(duì)根系研究方法的選擇和改進(jìn),對(duì)科研結(jié)果影響巨大。

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丹麥根本哈根大學(xué)科學(xué)家等利用多光譜成像系統(tǒng)對(duì)植物植株、根系進(jìn)行成像研究,取得了前瞻性的成果。

該研究以深根系大麥為研究對(duì)象,將大麥下方埋了有3m長(zhǎng)的微根管,使用Videometer公司的Videometer MR多光譜成像系統(tǒng),定期通過(guò)根窗透明面對(duì)根系成像分析。原始光譜圖像經(jīng)過(guò)Videometer自帶軟件一系列算法處理后得到目標(biāo)根系圖像,隨后進(jìn)行閾值分割、模糊聚類(lèi)等模型分析,得到根系的形態(tài)學(xué)數(shù)據(jù)。

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傳統(tǒng)的RGB可見(jiàn)光成像技術(shù)是利用顏色識(shí)別根系,前提是根系和土壤之間要有比較明顯的色差,但實(shí)際根系生長(zhǎng)在土壤中,顏色差異并不明顯,這樣根系識(shí)別可能會(huì)造成比較大的誤差,RGB可見(jiàn)光成像技術(shù)使用就會(huì)受限。歌本哈根將多光譜成像技術(shù)和傳統(tǒng)的RGB成像技術(shù)進(jìn)行了對(duì)比,顯示多光譜成像技術(shù)基于光譜特征在根系識(shí)別上的明顯優(yōu)勢(shì),并且對(duì)多光譜成像另一項(xiàng)*的功能進(jìn)行了初步探討——即光譜特征對(duì)于根系生化特性的識(shí)別(例如細(xì)根發(fā)生、成熟、衰老、死亡的周轉(zhuǎn)過(guò)程;例如根際分泌物成分的變化等),顯示了多光譜成像技術(shù)在根系研究領(lǐng)域的巨大潛力。

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Videometer系列多光譜成像系統(tǒng)廣泛應(yīng)用于:植物/作物表型組學(xué)研究分析;根系分析;作物育種與種子品質(zhì)檢測(cè);植物/作物脅迫生理響應(yīng);作物病理學(xué)分析與病原檢測(cè);食品檢測(cè);中藥成分分析與品質(zhì)檢測(cè)。來(lái)自哥本哈根大學(xué)、丹麥理工大學(xué)以及丹麥Videometer公司的專(zhuān)家在剛剛利用該設(shè)備在Plant and Soil上發(fā)表了題為A multispectral camera system for automated minirhizotron image analysis的文章,早些利用該設(shè)備進(jìn)行研究的文章題為Frontiers in Plant Sciences,Screening of Barley Resistance Against Powdery Mildew  by Simultaneous High-Throughput Enzyme Activity Signature Profiling and Multispectral Imaging。

Frauhofer植物根系計(jì)算機(jī)CT斷層掃描系統(tǒng)

基于X光的計(jì)算機(jī)斷層掃描技術(shù)(CT)廣泛應(yīng)用于科學(xué)研究各個(gè)領(lǐng)域,如制藥、納米科學(xué)、材料科學(xué)以及植物科學(xué)等領(lǐng)域。得益于X光CT技術(shù),在農(nóng)業(yè)以及植物科研進(jìn)展也十分迅速。X光CT成像方法使得高通量、無(wú)損、無(wú)干擾測(cè)量植物根系統(tǒng)成為可能,也使得植物生長(zhǎng)期間對(duì)下游復(fù)雜機(jī)制的研究成為可能。到目前為止,已經(jīng)采集到大量植物CT掃描數(shù)據(jù),但如何有效、對(duì)其進(jìn)行分析,還面臨著挑戰(zhàn)??蒲腥藛T經(jīng)過(guò)對(duì)植物根系3D CT斷層掃描的有效的統(tǒng)計(jì)以及計(jì)算方法進(jìn)行了回顧?;趫D像的植物根系分析方法劃分如下 (1) 根分區(qū)切割,例如,(1)將根系與非根背景區(qū)分;(2)根系統(tǒng)重建;(3) 提取高層級(jí)表型性狀。

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在設(shè)備開(kāi)發(fā)領(lǐng)域,德國(guó)Frauhofer研究院毫無(wú)疑問(wèn)處于執(zhí)牛耳的位置,專(zhuān)門(mén)成立的植物表型研究團(tuán)隊(duì)開(kāi)發(fā)了系列適用植物科學(xué)研究的計(jì)算機(jī)斷層掃描系統(tǒng),如便攜式計(jì)算機(jī)掃描系統(tǒng),臺(tái)式高精度計(jì)算機(jī)斷層掃描系統(tǒng)以及落地式大成像面積計(jì)算機(jī)斷層掃描系統(tǒng)以及高通量根系表型斷層掃描系統(tǒng)。

北京博普特科技有限公司擁有全面植物表型成像產(chǎn)品和系統(tǒng)解決,致力于為植物表型組學(xué)發(fā)展提供全面、的一站式解決方案。